भारत में परमाणु ऊर्जा का शांतिपूर्वक ढंग से उपयोग में लाने हेतु नीतियों को बनाने के लिए 1948 ई. में परमाणु ऊर्जा कमीशन की स्थापना की गई। इन नीतियों को निष्पादित करने के लिए 1954 ई. में परमाणु ऊर्जा विभाग  की स्थापना की गई।
परमाणु ऊर्जा विभाग के परिवार में पाच अनुसंधान केंद्र हैं- भाभा परमाणु अनुसंधान केन्द्र - मुंबई,, इंदिरा गांधी परमाणु अनुसंधान केंद्र  - कलपक्कम, तमिलनाडु, उन्नत तकनीकी केंद्र- इंदौर, वेरिएबल एनर्जी साइक्लोट्रॉन केंद्र - कोलकाता,  परमाणु पदार्थ अन्वेषण और अनुसंधान निदेशालय - हैदराबाद।
परमाणु ऊर्जा विभाग सात राष्ट्रीय स्वायत्त संस्थानों को भी आर्थिक सहायता देता है, वे हैं- टाटा फंडामेंटल अनुसंधान संस्थान -मुम्बई, टाटा स्मारक केंद्र-मुंबई, साहा नाभिकीय भौतिकी संस्थान - कोलकाता, भौतिकी संस्थान - भुवनेश्वर, हरिश्चंद्र अनुसंधान संस्थान- इलाहाबाद, गणितीय विज्ञान संस्थान  - चेन्नई और प्लाज़्मा अनुसंधान संस्थान- अहमदाबाद।