वैगई नदी तमिलनाडु की वरुशानद पहाडिय़ों से निकलती है।  यह नदी प्रारंभ में कंबम और वरुशानद घाटियों से गुजरते हुए पूर्वोत्तर की ओर बहती है। अपने मध्य भाग में वैगई पूर्व की ओर बहती हुई नरसिंहपुरम में वैगई जलाशय में जा मिलती है। शोलवंदन के पास यह दक्षिण-पूर्व की ओर मुडक़र मदुरै शहर होती हुई पाक जलडमरुमध्य स्थित मुहाने तक पहुंचती है, जो भारत के दक्षिण-पूर्वी तट को श्रीलका (भूतपूर्व सीलोन) से अलग करता है।

इस नदी में बाढ़ बहुत कम आती है। सिरुलियार, थेनियार, बराह और मंगलार इसकी प्रमुख सहायक नदियां हैं।